​โดยก่อนที่จะมีการดำเนินการเสนอขอโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งรองศาสตราจารย์ ดร.วรรณธรรม กาญจนสุวรรณ ให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดี เนื่องจากในขณะนั้นการถอดถอน นายชัยเลิศ พิชิตพรชัย ออกจากตำแหน่งอธิการบดีอยู่ระหว่างการพิจารณาคดีของศาลปกครองสูงสุด และศาลปกครองสูงสุดยังไม่ได้มีคำพิพากษา จึงเป็นกรณีมีข้อเท็จจริงเกี่ยวกับกระบวนการถอดถอนอธิการบดีรายเดิมยังไม่เป็นที่ยุติ การเสนอเรื่องโปรดเกล้าฯ ถอดถอน นายชัยเลิศ พิชิตพรชัย จึงสมควรรอให้ศาลปกครองสูงสุดมีคำพิพากษาก่อนว่า การถอดถอนนั้นชอบด้วยกฎหมายหรือไม่ ส่วนในเรื่องการดำเนินการเสนอขอโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดี ให้มหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราชเสนอมาตามลำดับขั้นตอน ความละเอียดแจ้งแล้ว นั้น

​ทางสภามหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราชได้พิจารณาดำเนินการตามมติคณะอนุกรรมการด้านกฎหมายข้างต้น เนื่องจากสอดคล้องกับการดำเนินการตามแนวทางปฏิบัติตามหนังสือสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี เรื่อง แนวปฏิบัติในการเสนอเรื่องที่ต้องนำความกราบบังคมทูลขอพระราชทานพระมหากรุณา ซึ่งกำหนดว่า การเสนอเรื่องเกี่ยวกับการขอพระราชทานพระมหากรุณาในเรื่องต่าง ๆ ส่วนราชการต้องพึงระมัดระวังตรวจสอบกลั่นกรองว่า ได้ดำเนินการในเรื่องนั้นๆ ถูกต้องตามกฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับ หลักเกณฑ์หรือแนวทางปฏิบัติที่เกี่ยวข้องแล้ว รวมทั้ง หากเป็นเรื่องที่มีข้อร้องเรียนว่า มิได้ปฏิบัติให้เป็นไปตามกฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับหรือแนวทางปฏิบัติได้กำหนดไว้ ก็สมควรได้ตรวจสอบหรือดำเนินการแก้ไขให้เป็นที่ยุติเสียก่อน รวมทั้งเรื่องที่เสนอต้องไม่เป็นเรื่องที่อยู่ระหว่างการฟ้องร้องต่อศาล อันเป็นเหตุให้ไม่สามารถดำเนินการต่อไปได้

​นอกจากนี้ สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ยังได้มีหนังสือ เวียนแจ้งกระทรวง กรม หน่วยงานอิสระ เพื่อซักซ้อมแนวทางปฏิบัติในการเสนอเรื่องที่ต้องนำความกราบบังคมทูลขอพระราชทานพระมหากรุณา โดยสรุปว่า ในห้วงเวลาที่ผ่านมายังมีส่วนราชการและหน่วยงานของรัฐ เสนอเรื่องที่มีประเด็นปัญหากรณีที่มีข้อร้องเรียนที่อยู่ระหว่างการฟ้องร้องต่อศาลว่า มิได้ปฏิบัติให้เป็นไปตามกฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับ หรือแนวทางปฏิบัติที่ได้กำหนดไว้ อันเป็นเหตุให้สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ไม่สามารถดำเนินการนำความกราบบังคมทูลพระมหากรุณาต่อไปได้ ดังนั้น เพื่อให้การขอพระราชทานพระมหากรุณาในเรื่องต่าง ๆ สามารถดำเนินการนำความกราบบังคมทูลได้อย่างถูกต้อง เรียบร้อย ไม่เป็นที่ระคายเคืองเบื้องพระยุคลบาท จึงให้ส่วนราชการและหน่วยงานของรัฐถือปฏิบัติตามแนวทางปฏิบัติของหนังสือสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีอย่างเคร่งครัดต่อไป

​อีกทั้งยังสอดคล้องกับข้อสั่งการของสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ที่ส่งถึงรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการอุดมศึกษาฯ กรณีของมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก โดยสรุปว่า การเสนอขอโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งบุคคลให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดีรายใหม่ แทนอธิการบดีรายเดิมที่อยู่ระหว่างการดำเนินการเพื่อทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ถอดถอนให้พ้นจากตำแหน่ง เห็นควรที่จะดำเนินการในเรื่องถอดถอนให้พ้นจากตำแหน่งอธิการบดีให้แล้วเสร็จเสียก่อนที่จะดำเนินการเสนอเรื่องเพื่อขอให้นำความกราบบังคมทูลพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งอธิการบดีรายใหม่ให้ดำรงตำแหน่ง เพื่อให้เป็นไปตามขั้นตอน

​ทางมหาวิทยาลัยขอเรียนว่า ในช่วงเวลาที่ผ่านมา มหาวิทยาลัยมิได้เพิกเฉยกับการดำเนินการถอดถอนอธิการบดีและการสรรหาอธิการบดี แต่เนื่องจากมหาวิทยาลัยได้ประสบปัญหาอุปสรรคหลายประการในเรื่องการฟ้องคดีต่อศาลปกครองในคดีการถอดถอนอธิการบดีและคดีการสรรหาอธิการบดี จึงส่งผลกระทบต่อการดำเนินการตามกฎหมาย และแนวปฏิบัติที่เกี่ยวข้องในการดำเนินการให้ได้มาซึ่งอธิการบดีรายใหม่ โดยได้รายงานปัญหาอุปสรรคและความคืบหน้าในเรื่องดังกล่าวต่อกระทรวงการอุดมศึกษาฯ มาโดยตลอด

​ในช่วงเวลาที่สภามหาวิทยาลัยได้ดำเนินการตรวจสอบคุณสมบัติของผู้สมควรดำรงตำแหน่งอธิการบดีเพื่อเตรียมการเสนอขอโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งอธิการบดีตามกฎหมายที่เกี่ยวข้องและแนวปฏิบัติในการเสนอขอโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งบุคคลให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดีรายใหม่ตามที่รัฐมนตรีให้ข้อเสนอแนะนั้น สภามหาวิทยาลัยได้พบข้อเท็จจริงและพฤติการณ์การกระทำเกี่ยวกับคุณสมบัติและความเหมาะสมของผู้ที่จะดำรงตำแหน่งอธิการบดีที่ประจักษ์ชัดเจนเปลี่ยน แปลงไปโดยมีพยานหลักฐานสนับสนุนว่า รองศาสตราจารย์ ดร.วรรณธรรม กาญจนสุวรรณ ขาดคุณสมบัติและไม่มีความเหมาะสมที่จะดำรงตำแหน่งอธิการบดี ในเรื่องไม่มีคุณธรรม จริยธรรม ความซื่อสัตย์สุจริต ไม่มีธรรมาภิบาล ไม่คำนึงถึงประโยชน์ส่วนรวม และมีการแสวงหาประโยชน์โดยมิชอบ ก่อนที่จะเสนอขอโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดี และไม่สามารถเสนอขอโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดีต่อไปได้

​สภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 2/2567 (นัดพิเศษ) เมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ 2567จึงได้มีมติเพิกถอนมติสภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 5/2560 เมื่อวันที่ 30 มีนาคม 2560ที่เลือก รองศาสตราจารย์ ดร.วรรณธรรม กาญจนสุวรรณ เป็นผู้ได้รับการเสนอแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดี และยกเลิกประกาศสภามหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช เรื่อง รายชื่อผู้มีคุณสมบัติเหมาะสมที่จะดำรงตำแหน่งอธิการบดี โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 14 กุมภาพันธ์2567 มีผลให้ รองศาสตราจารย์ ดร.วรรณธรรม กาญจนสุวรรณ กลายเป็นผู้ที่ไม่ได้รับการเสนอแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดี สภามหาวิทยาลัยจึงไม่มีหน้าที่จำต้องเสนอชื่อ รองศาสตราจารย์ ดร.วรรณธรรม กาญจนสุวรรณเพื่อเสนอขอโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเป็นอธิการบดีต่อสำนักงานปลัดกระทรวงการอุดมศึกษาฯ อีกต่อไป

​หลังจากนั้น รองศาสตราจารย์ ดร.วรรณธรรม กาญจนสุวรรณ ได้ยื่นฟ้องคดีต่อศาลปกครองกลาง หมายเลขดำที่ บ. 128/2567 ระหว่าง รองศาสตราจารย์ ดร.วรรณธรรม กาญจนสุวรรณ ผู้ฟ้องคดี สภามหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช ที่ 1 นายกสภามหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช ที่ 2 ผู้ถูกฟ้องคดี ฟ้องขอให้ศาลปกครองเพิกถอนมติสภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 2/2567 (นัดพิเศษ) เมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ 2567 ดังกล่าวข้างต้น พร้อมทั้งขอให้ศาลมีคำสั่งทุเลาการบังคับตามมติของสภามหาวิทยาลัยดังกล่าว ศาลปกครองกลางได้พิจารณาคำขอทุเลาการบังคับตามมติสภามหาวิทยาลัยแล้ว วินิจฉัยโดยสรุปว่า การที่สภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 2/2567 (นัดพิเศษ) เมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ 2567 (กรรมการเสียงข้างมาก ๘ เสียง) มีมติทบทวนมติสภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 5/2560 เมื่อวันที่ 30 มีนาคม 2560 ที่เลือก รองศาสตราจารย์ ดร.วรรณธรรม กาญจนสุวรรณ ผู้ฟ้องคดี เป็นผู้ได้รับการเสนอแต่งตั้งให้เป็นอธิการบดี และมีมติให้เพิกถอนมติสภามหาวิทยาลัยเดิมดังกล่าว ​​​

​ส่วนในคดีการถอดถอนอธิการบดีรายเดิมนั้น ศาลปกครองสูงสุดได้อ่านคำพิพากษาเมื่อวันที่ 4เมษายน 2567 โดยสรุปว่า การที่สภามหาวิทยาลัยมีมติให้ถอดถอน นายชัยเลิศ พิชิตพรชัย ออกจากตำแหน่งอธิการบดีเป็นการใช้ดุลพินิจที่มีข้อเท็จจริงและเหตุผลรองรับอย่างเพียงพอ จึงเป็นการใช้ดุลพินิจที่ชอบด้วยกฎหมาย และเป็นคำสั่งทางปกครองที่ชอบด้วยกฎหมาย พิพากษากลับคำพิพากษาของศาลปกครองชั้นต้น เป็นให้ยกฟ้อง

​จากนั้น สภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 5/2567 (นัดพิเศษ) เมื่อวันที่ 10 เมษายน 2567ได้มีมติเห็นชอบให้นำความกราบบังคมทูลพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ถอดถอน นายชัยเลิศ พิชิตพรชัย ให้พ้นจากตำแหน่งอธิการบดี และมหาวิทยา ลัยได้มีหนังสือ เสนอขอให้นำความกราบบังคมทูลพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ถอดถอนอธิการบดีไปยังสำนักงานปลัดกระทรวงการอุดมศึกษาฯ ต่อมา สำนักนายกรัฐมนตรีได้มีประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่อง ถอดถอนอธิการบดีมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช นายชัยเลิศ พิชิตพรชัย พ้นจากตำแหน่งอธิการบดีมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช ตั้งแต่วันที่ 9 มิถุนายน 2567 รายละเอียดตามสิ่งที่ส่งมาด้วย จึงทำให้ตำแหน่งอธิการบดีมหาวิทยาลัยว่างลงโดยสมบูรณ์ตาม

​ทั้งนี้ สภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 1/2568 (นัดพิเศษ) เมื่อวันที่ 23 มกราคม 2568จึงมีมติเห็นชอบให้เริ่มกระบวนการสรรหาอธิการบดีรายใหม่ ตามข้อบังคับมหา วิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช ว่าด้วยการสรรหาอธิการบดี พ.ศ. 2566 และที่แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2567 และตามแนวปฏิบัติตามหลักธรรมาภิบาลของกระทรวงการอุดมศึกษาฯ ทั้งนี้ หากการดำเนินการสรรหาอธิการบดีเป็นประ การใดจะรายงานความคืบหน้าและผลการสรรหาอธิการบดีให้กระทรวงการอุดมศึกษาฯ ทราบเป็นระยะต่อไป